免税事業者等からの仕入れに係るインボイスの経過措置は、2026年10月1日から控除できる割合が80%から70%に下がりました。50%に下がるのは2028年10月1日からです。住宅の家賃は消費税が非課税なので影響はなく、影響が出るのは店舗・事務所・駐車場など課税される賃料のうち、貸主がインボイス発行事業者でなく、借主が原則課税で申告している取引です。管理会社が10月以降に確かめることを、国税庁の資料で整理します。
2026年10月1日に何が変わったか
インボイス制度の下では、インボイス発行事業者以外の者（免税事業者や消費者など）からの課税仕入れは、原則として仕入税額控除ができません。ただし経過措置として、仕入税額相当額の一定割合を控除できます。その割合が、2026年10月1日から段階的に下がり始めました。国税庁のインボイスQ&A（問113、令和8年4月改訂）は、期間と割合を次のように示しています。
| 課税仕入れの時期 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日〜2026年9月30日 | 80% |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% |
制度開始時は「2026年10月から50%」の予定でしたが、令和8年度の税制改正で段階が細かくなりました。国税庁の「インボイス制度に関するお知らせ（令和8年9月）」も、10月1日から80%が70%になること、2028年10月1日から50%、2030年10月1日から30%になることを案内しています。古い資料や会計ソフトの説明で「50%」と書かれているものは、改正前の内容です。
1つの免税事業者からの仕入れの上限も下がった
経過措置には、1つの免税事業者等からの課税仕入れの合計額に上限があります。問113によると、2024年10月1日から2026年9月30日までの間に開始する課税期間は税込10億円、2026年10月1日以後に開始する課税期間は税込1億円です。上限を超える部分には経過措置が使えません。3月決算の法人なら、1億円の上限が当てはまるのは2027年4月1日に始まる課税期間からです。賃料で1億円を超える取引は多くありませんが、大型の店舗やビル一棟を免税の貸主から借りている借主には関係します。
9月分と10月分の境目の考え方
80%と70%のどちらを使うかは、課税仕入れを行った日で決まります。国税庁のインボイスQ&A（問113-3）は「本経過措置の適用に当たって用いる割合は、適用しようとする課税仕入れの時期で判断する」としています。
家賃のような資産の貸付けについては、消費税法基本通達9-1-20が、賃貸借契約に基づく使用料等を対価とする資産の譲渡等の時期を「当該契約又は慣習によりその支払を受けるべき日」としています。仕入れる側の時期も、基本通達11-3-1により第9章の取扱いに準じます。つまり、契約で定めた支払日がいつかが基準になります。
「翌月分を当月末までに支払う」といった前払いの定めがある契約では、10月分の賃料でも支払日が9月中にあることがあります。どちらの割合になるかは契約の定め方で変わるため、9月から10月にかけての処理に迷う取引は、顧問税理士に確認してください。
影響が出る賃料、出ない賃料
経過措置の割合が問題になるのは、課税される取引だけです。国税庁のタックスアンサーNo.6226「住宅の貸付け」をもとに整理します。
| 取引 | 消費税 | 経過措置の影響 |
|---|---|---|
| 住宅の家賃（居住用） | 非課税 | なし |
| 貸付期間が1か月未満の住宅、旅館業に当たる施設の貸付け | 課税 | 借主が事業者で原則課税ならあり |
| 住宅に付いた駐車場（1戸1台以上が割り当てられ、家賃とは別に使用料を取っていない等） | 非課税（住宅の貸付けに含まれる） | なし |
| 上記以外の駐車場、月極駐車場 | 課税 | 借主が事業者で原則課税ならあり |
| 店舗・事務所 | 課税 | 借主が原則課税ならあり |
| 店舗併用住宅 | 住宅部分は非課税、店舗部分は課税 | 店舗部分のみ |
借主の申告方法でも影響は変わります。簡易課税制度は、売上げに係る消費税額にみなし仕入率を掛けて仕入控除税額を計算する仕組み（タックスアンサーNo.6505）なので、貸主がインボイス発行事業者かどうかで控除額は変わりません。借主が免税事業者や個人の消費者の場合も、仕入税額控除をしないため影響はありません。影響が出るのは、借主が原則課税（一般課税）で申告している場合です。
仮の数字で見る借主の負担の変化
仮の数字で計算例を示します。免税事業者である個人オーナーから、原則課税の法人が店舗を月額220,000円（消費税相当額を含む）で借りているとします。地方消費税を含めた10%で概算します。
| 項目 | 2026年9月まで（80%） | 2026年10月から（70%） |
|---|---|---|
| 賃料に含まれる消費税相当額（220,000円×10/110） | 20,000円 | 20,000円 |
| 控除できる額 | 16,000円 | 14,000円 |
| 控除できない額（借主の負担） | 4,000円 | 6,000円 |
この例では、借主の負担は月2,000円、年24,000円増えます。2028年10月に50%になると、控除できない額は月10,000円になります。実際の計算は、国税と地方消費税を分けて行います。借主から質問を受けたときは、この程度の概算にとどめ、正確な額は借主の税理士に確認してもらうのが無難です。
借主側の帳簿と書類
経過措置を使うには、帳簿と請求書等の両方を保存する必要があります。問113は、帳簿には通常の記載事項に加えて、例えば「80％控除対象」「免」など、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨の記載が必要としています。10月以降の取引では、会計ソフトの区分や摘要が70%に切り替わっているかを確かめます。
請求書等は、区分記載請求書等と同様の記載事項がある書類を保存します。賃料は毎月請求書を出さない取引も多いため、国税庁のインボイスQ&A（問95）の考え方が参考になります。口座振替の場合は、適格請求書の記載事項の一部が書かれた契約書とともに通帳を、口座振込の場合は契約書とともに銀行の振込金受取書を保存することで、請求書等の保存があるものとして扱うとしています。貸主がインボイス発行事業者でなくなる場合に備えて、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで登録状況を確かめることも勧めています。
免税の貸主が登録を考えるときの確認点
借主から登録を求められたオーナーにとって、判断の材料は次のとおりです。最終的な判断は、オーナー自身と顧問税理士が行います。管理会社は、材料をそろえて渡す役割にとどめます。
- 登録の時期：タックスアンサーNo.6498によると、2023年10月1日から2029年9月30日までの日を含む課税期間中に免税事業者が登録を受けた場合は、登録を受けた日からインボイス発行事業者になれる経過措置があります。
- 申告の負担：登録すると課税事業者になり、店舗・事務所などの課税売上げについて消費税の申告と納税が必要になります。住宅の家賃は非課税のままです。
- 2割特例と3割特例：国税庁の「インボイス制度に関するお知らせ（令和8年9月）」によると、登録を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業者は、2割特例を令和8年分の確定申告まで使え、令和9年分と令和10年分は納付税額を売上げに係る消費税額の3割とする3割特例を使えます。法人の場合は、この案内とは別に顧問税理士に確かめます。
- 借主との関係：登録しない場合、借主の負担は経過措置の割合が下がるたびに増えます。賃料の見直しを求められる可能性があります。
賃料の見直しを求められたとき
課税事業者である借主が、免税の貸主に賃料の引下げを求める場面もありえます。公正取引委員会・財務省・経済産業省・中小企業庁・国土交通省の「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」（問7）は、仕入税額控除が制限される分について、免税事業者の仕入れや諸経費に係る消費税も考慮したうえで双方納得の上で価格を設定すれば、結果的に価格が下がっても独占禁止法上問題となるものではないとしています。一方で、再交渉が形式的なもので、一方的に著しく低い価格を設定するような場合は、優越的地位の濫用として問題になるとしています。
このQ&Aは仕入側（ここでは借主）の行為についての考え方です。管理会社が間に入る場合は、どちらか一方の言い分だけで話をまとめず、計算の前提（課税・非課税の区分、借主の申告方法、割合の推移）を双方に同じ資料で示し、やり取りを記録に残します。
管理会社がいま確かめること
10月1日を過ぎたいま、管理会社として確かめておきたいことを順に並べます。
- 課税の賃料の一覧を作る：店舗・事務所・駐車場・店舗併用住宅の店舗部分など、課税される賃料の契約を抜き出す。
- 貸主の登録状況を確かめる：オーナーごとに登録番号の有無を公表サイトで確認し、台帳に記録する。
- 借主への説明を用意する：割合の推移と、上の計算例の考え方を1枚にまとめる。個別の税額は借主の税理士に確認してもらう前提で書く。
- 契約書と通知書を見直す：登録している貸主の場合、契約書や通知書に登録番号などインボイスの記載事項が足りているかを確かめる（問95の考え方）。
- 自社の仕入れも見直す：清掃・修繕・内装などを個人の免税事業者に発注している場合、自社の控除にも70%が当てはまる。会計ソフトの設定と帳簿の記載を確かめる。
- 次の節目を記録する：50%に下がる2028年10月1日、1億円の上限が当てはまる自社と借主の課税期間を、更新時期と並べて管理する。
オーナーへの送金明細でも、課税の賃料と非課税の家賃を分けて示しておくと、オーナーが税理士に資料を渡すときに迷いません。ウルスタくんのオーナーへの送金明細（管理料・修繕費を差し引いた明細）や、賃貸借契約書などの書類作成を使っている場合は、課税区分と登録番号の記載を一度見直してください。
よくある質問
Q1. 10月から50%になるのではなかったのですか。
改正前はそうでした。令和8年度の税制改正で、2026年10月1日から70%、2028年10月1日から50%、2030年10月1日から30%と段階が変わりました。国税庁のインボイスQ&A（問113、令和8年4月改訂）で確認できます。
Q2. 居住用のアパートしか管理していなくても関係ありますか。
住宅の家賃は非課税なので、家賃そのものには影響しません。ただし、家賃とは別に使用料を取っている駐車場や、1か月未満の貸付けは課税されることがあります。また、自社が個人の免税事業者に清掃や修繕を発注している場合は、自社の仕入税額控除に影響します。
Q3. 借主が簡易課税なら、貸主が登録していなくても問題ありませんか。
簡易課税の借主は、売上げに係る消費税額にみなし仕入率を掛けて控除額を計算するため、貸主の登録の有無で控除額は変わりません。ただし、借主が将来原則課税に変わる可能性はあります。
Q4. 10月分の家賃を9月に払っている場合はどちらの割合ですか。
家賃の課税仕入れの時期は、契約又は慣習により支払を受けるべき日が基準になります（基本通達9-1-20、11-3-1）。前払いの定め方によって判断が分かれることがあるため、該当する取引は顧問税理士に確認してください。
Q5. 帳簿の「80%控除対象」という記載は書き換える必要がありますか。
問113は、帳簿に経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨の記載を求めており、例として「80％控除対象」「免」を挙げています。10月以降の取引は70%で計算するため、会計ソフトの税区分や摘要の付け方を70%に合わせておくと、後で見返したときに混乱しません。
出典（本文で参照している資料）
- 国税庁 インボイス制度に関するお知らせ（令和8年9月）
- 国税庁 インボイスQ&A 問113（免税事業者等からの仕入れに係る経過措置）
- 国税庁 インボイスQ&A 問113-3（令和8年10月1日前後の取引に係る経過措置の適用）
- 国税庁 インボイスQ&A 問95（口座振替・口座振込による家賃の支払）
- 国税庁 消費税法基本通達9-1-20（賃貸借契約に基づく使用料等を対価とする資産の譲渡等の時期）
- 国税庁 消費税法基本通達11-3-1（課税仕入れを行った日の意義）
- 国税庁 タックスアンサーNo.6226 住宅の貸付け
- 国税庁 タックスアンサーNo.6505 簡易課税制度
- 国税庁 タックスアンサーNo.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）
- 公正取引委員会ほか 免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A
この記事は2026年10月7日時点の情報です。
